Etude génétique des populations de cerfs

Méthodes

  • collecte d'échantillons sur des sites répartis de part et d'autre des infrastructures et éléments du paysage potentiellement problématiques aux déplacements des cerfs (autoroutes, LGV, canaux et plaines céréalières)
  • En plus, collecte d'échantillons sur l’ensemble des départements des Ardennes, de la Marne et de l’Aisne, en fonction des demandes des Fédérations de chasse, et selon les opportunités.

Collecte et préparation des échantillons

  • Collecte d'échantillons de tissu, notamment de peau, sur des animaux tués à la chasse (Merci aux collecteurs et aux techniciens des fédérations de chasse!)
  • Prélèvements de peau réalisés lors de la capture des cerfs pour le suivi GPS
  • Redécoupage des échantillons aux dimensions de 2x1 mm et reconditionnement dans un eppendorf d’alcool à 95°

Prélèvement d'un échantillon d'ADN sur un cerf anesthésié et stockage dans l'alcool à 95°

 

Obtention des génotypes

  • Extraction de l'ADN contenu dans les tissus
  • Amplification de l'ADN obtenu avec un jeu de 15 marqueurs microsatellites mis au point par l'INRA et optimisé par Marina Mergey (CERFE )
  • Séquençage des gènes amplifiés
  • Lecture et interprétation des résultats

Étapes permettant d'obtenir les génotypes des cerfs à partir des échantillons prélevés sur le terrain

 

Analyses

Le principe est de comparer les profils génétiques des individus en fonction de leur localisation géographique: si des animaux séparés par un élément du paysage sont génétiquement plus différents qu’attendu, alors nous supposons que cet élément constitue un frein aux déplacements.

Plusieurs analyses seront effectuées:

  • Analyse discriminante en composantes principales
  • Analyse Geneland
  • Analyse Structure

Etat d'avancement

Dernière mise à jour en juillet 2019 

Collecte

Première collecte: 331 échantillons répartis dans 6 massifs des Ardennes et de la Marne.

Deuxième collecte: 189 échantillons (renforcement des effectifs de certains sites, 3 nouveaux sites)

Résultats des analyses

Analyses réalisées pour la première collecte (331 échantillons):

  • 5 groupes génétiques principaux qui correspondent aux massifs échantillonnés, à l’exception d’Argonne et Suippes qui sont rassemblés en un seul groupe génétique.
  • Les flux génétiques entre les populations de cerfs de chaque massif sont donc faibles.
  • Les barrières semblent jouer un rôle non négligeable dans la structure génétique observée
  • Pas d'effet barrière de l'A4 et de la LGV mais existence de zones pouvant faciliter le passage des cerfs 

Attention, ces résultats sont provisoires puisque les échantillons de la deuxième collecte ne sont pas encore inclus dans les analyses. A l'heure actuelle ils ont été traités en laboratoire et les profils génotypiques ont été obtenus. Les analyses statistiques sont en cours.